وقد بيّن الدكتور/ عمر خالد بن مسفر اسباب الاستقالة ذكر منها: تحويل بعض كوادر المستشفى وهو عليه اشكالية داخل مرفق عمله ويكافئ على ذلك بتحويلة قبل ما يقوم بإنهاء ما عليه من اشكاليات خصوصا أنه تم اشعار السلطة المحلية بأن التحويل سيخلق العديد من المشاكل، اهما تقديم نائب المدير للاستقالة، وكذا تعرض المستشفى وكادرها لحملة تشوية في الفترة الاخيرة من قبل اتحاد نساء اليمن فرع حضرموت الوادي والصحراء، ولم يرى الدكتور بن مسفر أي موقف اتجاه ما جاء في رسالة اتحاد نساء اليمن التي رفعة للسلطة المحلية. وقال: "ان هذه الحملات تضعف سمعة المستشفى وكادرها بل وجعلت البعض يتجرا على الكادر الامر الذي وصل الى الاعتداء وانتم ارى بذلك".
وايضا من اسباب الاستقالة للدكتور (بن مسفر) مشكلة المستشفى وما تعانيه من خلل في إيراداتها ومدفوعاتها وان دخل المستشفى لا يغطي نفقاته وان ما تصرفه الدولة على المستشفى قليل جدا مقارنة بحجم عمل بالمستشفى. وقد قدم الدكتور بن مسفر في وقت سابق للسلطة المحلية تقرير يشرح فيه وضع المستشفى وما تعانيه؛ وتمنى ان يتم الجلوس عليه مع الجهات ذات العلاقة حتى يتم وضع حلول تساعد المستشفى على الاستمرار في اداء عملها.
وجاءت اسباب استقالة نائب المدير العام الدكتور/ فيصل باوزير من منصبة على النحو التالي: "عدم التنسيق المسبق معنا في تحويل وانتداب الكادر الطبي التابع للمستشفى سواء بقصد أو بغير قصد، وتقصير السلطة المحلية ومكتب الصحة في الوقوف معنا في وجه ما نعانيه من صعوبات في ظل ما تمر به البلاد من وضع استثنائي، وأيضاً عدم الاهتمام بهذا الصرح من قبل جميع الجهات والذي لازال يقدم خدماته بإمكانات بسيطة".
وانهاء الدكتور بن مسفر رسالة الاستقالة المقدمة للسلطة المحلية "بان ما جاء اعلاه من اسباب تجعل أي شخص يقدم استقالته وفي كل الاحوال موضوع الاستقالة مطروح لدي، وقد كنت انوي تقديم الاستقالة خصوصا اننا مرينا بسنة عصيبة على الجميع حاولنا خلالها ان نحافظ على المستشفى من التراجع هذا بفضل الله ثم بفضل كثير من الجهات اهمها الكادر العامل بالمستشفى الذي افتخر بالعمل معه بكافة فئاته وان ما جاء اعلاه من اسباب جعلتني ارى ان الامر لا يستحق الانتظار، واتمنى من سيادتكم قبول استقالتي وتكليف من ترونه مناسبا لإدارة المستشفى، كما اتمنى ان تحل كافة الاشكاليات التي سردتها لكم مع الإدارة الجديدة حتى تكون بداية وانطلاقة جديدة مع الإدارة الجديدة. والله ولي التوفيق مقدم الطلب الدكتور عمر خالد بن مسفر الموافق 26/11/2015م".