وقعت جامعة الأحقاف بحضرموت على عدد من اتفاقيات التعاون العلمي والثقافي مع ثلاث جامعات سودانية هي : النيلين، وأم درمان الإسلامية، والقرآن الكريم والعلوم الإسلامية السودانية.
وقال الدكتور / صادق عمر مكنون – نائب رئيس جامعة الأحقاف : إن الهدف من توقيع هذه الاتفاقيات هو تعزيز التعاون في البرامج التربوية والعلمية والثقافية وتبادل الزيارات بين هيئات التدريس والإداريين لغرض التدريب وزيادة الخبرات والمعرفة وإقامة مشاريع بحثية مشتركة والتعاون في مجال الدراسات العليا والمشاركة في المؤتمرات العلمية والندوات بالإضافة إلى التبادل الطلابي بغرض التدريب المتقدم في كافة المجالات والتخصصات المتاحة وتبادل الخبرة في مجال المناهج والخطط الدراسية ونظم الإدارة الجامعية والاستعانة ببعض أعضاء هيئة التدريس في الجامعات السودانية للتدريس في جامعة الأحقاف .