وشهدت جامعة حضرموت أيضا تدخلا في شؤونها من قبل تنظيم القاعدة، الذي منع "الاختلاط" فيها، وفرض نسبة مالية من إيرادات الجامعة لحسابه.
وأمام هذا الواقع، يرى أكاديميون وباحثون أن هذا التطور في مسار التعليم الجامعي يهدد المستقبل العلمي للأجيال.